Αίθουσα Α
Η πρώτη αίθουσα του Μουσείου εντάσσει τον επισκέπτη στο πνεύμα του αρχίζοντας από την ιστορία του κτιρίου και την σταδιακή μετατροπή του από κοιτώνα εργατών της αλυκής σε αποθήκη άχυρου για τα άλογα που έσερναν τα βαγονέτα μεταφοράς του αλατιού και τελικά σε σύγχρονο μουσείο.
Στην ίδια αίθουσα λειτουργεί η γραμματεία και το γραφείο υποδοχής απ΄όπου μπορεί ο επισκέπτης να ζητήσει την οποιαδήποτε πληροφορία και έντυπο υλικό για τις Αλυκές, το Μουσείο και το Μεσολόγγι γενικότερα.
Αίθουσα Β
Στην αίθουσα αυτή ο επισκέπτης μπορεί να πληροφορηθεί για τις πηγές προέλευσης του αλατιού, να δει αλάτια από όλο τον κόσμο σε διαφορετικές κοκκομετρίες και χρωματισμούς, να γνωρίσει την σχέση του αλατιού με την κτηνοτροφία και την υγεία καθώς και τις 14.000 γνωστές και άγνωστες χρήσεις του.
Αίθουσα Γ
Συνεχίζοντας ο επισκέπτης την περιήγησή του στο Μουσείο ενημερώνεται για την επίδραση του αλατιού τόσο στη παγκόσμια όσο και στην τοπική οικονομία.
Η άγνωστη Ιστορία των Αλυκών του Μεσολογγίου ξεδιπλώνεται μπροστά στα μάτια του μέσα από πληθώρα εγγράφων, φωτογραφιών και βιντεοπροβολών ενώ σε ιδιαίτερο χώρο πληροφορείται για τα εκατοντάδες πουλιά που ενδημούν στον ευρύτερο χώρο των αλυκών και στη λιμνοθάλασσα της Κλείσοβας.
Αίθουσα Δ
Η τρίτη αίθουσα είναι αφιερωμένη στη επίδραση του αλατιού στα Γράμματα, την Τέχνη, την Θρησκεία, τον Τουρισμό και τον Πολιτισμό γενικότερα.
Ποιητές υμνούν το αλάτι, ζωγράφοι, χαράκτες και γλύπτες δημιουργούν έργα με αυτό και γι΄αυτό, πόλεις και περιοχές του κόσμου “κρύβουν” το αλάτι στο όνομά τους, θρησκείες όλου του κόσμου αναφέρονται σε αυτό και ο τουρισμός “εκμεταλλεύεται” την ύπαρξή του.
Αίθουσα Ε
Εδώ παρουσιάζεται η μοναδική, γνωστή στην Ελλάδα, συλλογή αλατιερών που χρονολογούνται από το 1800 μέχρι τις μέρες μας.
Στις προθήκες του Μουσείου εκτίθενται 1500 αλατιερες, χειροποίητες και βιομηχανικές.
Γυάλινες, μεταλλικές, πλαστικές, ξύλινες, ασημένιες, πορσελάνινες, κεραμικές και από διάφορα ιδιαίτερα υλικά, προερχόμενες από όλο τον κόσμο, παρουσιάζονται με έναν πρωτότυπο και εντυπωσιακό τρόπο.
Αίθουσα ΣΤ
Στην τελευταία αίθουσα ο επισκέπτης έχει τη δυνατότητα να προμηθευτεί αλάτι Μεσολογγίου, την περίφημη και ξακουστή “αφρίνα”, συλλεκτικές αλλά και σύγχρονες πρωτότυπες αλατιέρες, αλάτια απ΄όλο τον κόσμο, έργα τέχνης από αλάτι και αναμνηστικά των αλυκών και του Μεσολογγίου.